Container unterscheiden sich insofern von virtuellen Maschinen, als dass sich die im Container laufenden Programme den Kernel und sonstige Systemdienste des Hosts teilen. Das bedeutet, dass ein unter Linux betriebener Linux-Container dieselbe Kernelversion wie sein Host aufweist - es ist nicht möglich, in einem Linux-Host beispielsweise einen FreeBSD-Container auszuführen, Gleiches gilt für Windows-Hosts und Unix-Container. Die Ausführung einer virtuellen Maschine ginge derweil in beiden Beispielen problemlos von der Hand.
Der wichtigste Unterschied ist, ob der Windows-Host einen Windows- oder einen Linux-Container ausführen muss. Bei der Arbeit mit einem von Windows bereitgestellten Container muss das Anwendungsimage eine Windows-Applikation enthalten, da die diversen Linux-Kerneldienste nicht zur Verfügung stehen.
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