Wer sich sicherer fühlen will, verwendet zum SSH-Login Multifaktor-Authentifizierung. Smartphone-Besitzer können hierbei mit dem Google-Authenticator Einmal-Passwörter verwenden.
Die Pluggable Authentication Modules (PAM) erlauben unter Linux nicht nur die Einbindung von Directory Services wie LDAP, sondern auch die Integration von Hardware-basierter Authentifizierung.