Für die Administration der NAS-Geräte hat der Hersteller mit DiskStation Manager (DSM) ein ausgesprochen leistungsfähiges System entwickelt, das über ein benutzerfreundliches Webinterface verwaltet wird. Im Zentrum des Systems stehen die umfangreichen Sicherungsfunktionen. Mit der Datensicherung fertigen Nutzer Backups ihrer Dateien auf Netzwerkclients, in VMware-Installationen und bei SaaS-Anwendungen an. Dabei präsentiert sich DSM, aktuell in Version 6.2, flexibel und es lassen sich beliebige Verzeichnisse auf Linux-, macOS und Windows-Systemen sichern. Mit dem Modul "Active Backup for Business" schützen Anwender beliebige Server, PCs und virtuelle Maschinen. Für Office-365- und G-Suite-Anwendungen stehen außerdem spezielle Sicherungsmechanismen zur Verfügung.
Mit Hilfe der Synchronisationsfunktionen lassen sich beliebige Netzwerkclients zentral sichern. Dabei spielt die Funktion Synology Drive eine besondere Rolle. Das Modul vereint die verschiedenen Datenquellen und erlaubt so einen plattformübergreifenden Dateiabgleich. Synology Drive ermöglicht in Verbindung mit Synology Office ferner die gemeinsame Bearbeitung typischer Office-Dateien. Mit der Funktion Filestation richten Administratoren daneben eine netzwerkweite Freigabe samt Vergabe von Zugriffsrechten ein. Alle Dateien sind über den Punkt "Universal Search" auffindbar, wobei die systemweite Suche Dateien sowie DSM-Anwendungen und deren Inhalte indiziert.
Zur Daten- und Systemsicherung stehen ein Snapshot-Replikations- und ein High-Availability-Mechanismus zur Verfügung. Mit Hilfe von "Hyper Backup" lassen sich beliebige Daten geplant sichern. Hierfür stehen eine Datenverschlüsselung, Komprimierung und Integritätsprüfungen zur Verfügung. Clients können mit dem "Hyper Backup Explorer" derweil die Sicherungen durchsuchen und Daten bei Bedarf herunterladen. DSM trägt auch der wachsenden Bedeutung der Virtualisierung Rechnung. Mit dem
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